El sistema contará con 416 ordenadores de alto rendimiento Fujitsu HX600 con un total de 6.656 núcleos de procesamiento. El equipo se completa con siete servidores Unix basados en procesadores SPARC64 y un Terabyte de memoria.
Destinado a las necesidades de distintos cálculos científicos requerirá la misma cantidad de energía que el supercomputador que sustituirá, siendo a la vez siete veces más potente.
El consumo de energía se está convirtiendo en una cuestión cada vez más importante en el diseño de los supercomputadores, creándose en 2007 la lista con los más eficientes. El supercomputador de Kyoto rendirá 102 Megaflops por vatio, frente al vencedor actual del ranking, el del Laboratorio de Ciencia y Tecnología del Reino Unido que ofrece 375 Megaflops por vatio.
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